儀器中文全名

H05 基因體與生物資訊分析平台服務

儀器英文全名

H05 Genomic and Bioinformatics Analysis Platform Service

儀器位置

成功校區資訊大樓75501室

單位／教授

生物資訊及數位健康中心／孫孝芳教授

儀器管理人

陳小姐

TEL

06-2757575#61330

E-mail

em61330@ncku.edu.tw

技術類別

£前段製程：

£微影　£鍍膜　£蝕刻　£擴散　£化學機械研磨

£表面分析：

£電子能譜儀　£表面特性

£後段製程：

£晶圓針測　£晶圓切割　£黏晶　£打線接合　£封膠

£掃描探針：

£顯微系統　£機械性質　

£形貌分析

£電子顯微：

£SEM　£TEM　£樣品製備

£物理性質：

£磁性　£熱分析　£電學

£光學檢測：

£光譜儀　£顯微形貌分析

£生物醫學：

£分析　£樣品製備

£晶相分析：

£XRD

¢其他：

£工程樣品製備　£材料力學　

¢電腦計算

£分析化學：

£核磁共振儀　£質譜／層析

應用／功能

簡介

本平台係基於叢集架構，並搭配圖形處理器（GPU）與大量儲存設備建構之運算主機，提供一個具高速運算效能的基因體資訊演算環境，加速相關研究之進行，如：次世代定序（NGS）分析、非模式物種基因體分析、基因體註解、蛋白質結構、組裝，提供Assembly／Mapping／Annotation軟體與相關Pipeline皆提供服務。

廠牌／型號

廠牌：Fujitsu                             　

型號：PRIMERGY RX350 S7

重要規格

• 作業系統：Red Hat Enterprise Linux Server release 6.4 (Santiago)
• 運算節點*8台，規格Intel Xeon E5-2650 8 C/16 T 2.00 GHz 20 MB*2、NVIDIA® Tesla™ K20C GPGPU、512GB~768 GB DDR3-1333 ECC/per node
• 應用套件：BLAST、GATK、Ray、Velvet、Bowtie、Glimmer、SAMtools、R、BWA、InterProScan、SRAtoolkit、Python、Cufflinks、MACS、TopHat、Perl、DiscoveryStudio、MAQ、Trinity、Java、FastQC、mpiBLAST、tRNAcan、FASTX-toolkit、tRNA-scanS

取樣／使用

注意事項

• 申請時需說明使用目的、來源IP，經核准後方能開放使用。
• 設備使用方式：由使用者在自備電腦或終端機，以SSH登入／操作機器。
• 每帳號空間最多為1.5 TB（包含使用者上傳與產生的檔案），每季統計該帳號空間使用情況，並通知清理空間。
• 使用共用儀器設備所取得之各項量測數據，不得用於營利用途、廣告標示、訴訟上證據等其他用途。

開放時段

開放24小時以Queue排程指令執行
＊上述服務如遇設備或網路維護將公告並暫停使用

訓練課程規定

無

收費標準（含訓練課程）

校內學術：13,000元／年／1帳號

校外學術：15,000元／年／1帳號

業界：無

預約系統

https://cis.cfc.ncku.edu.tw/apparatus/index.php